La segnaletica della Via di Francesco è completa e sicura su tutto il percorso, un grande sforzo è stato compiuto per accompagnare il viandante nel suo cammino.
Nel tratto toscano, per ora, bisogna affidarsi ai segnavia bianco-rossi del CAI e al Tau giallo.
In Umbria appaiono i segnavia giallo-blu e il Tau giallo, posizionati con attenzione alla bidirezionalità del percorso, e le paline con cartelli del medesimo colore.
Nel Lazio la situazione è simile all'Umbria.
Grazie ad accordi tra le regioni interessate, si andrà verso una completa integrazione della segnaletica sia orizzontale che verticale.
La segnaletica è posizionata in modo da consentire la percorrenza della Via di Francesco in entrambi i sensi di marcia da Nord a Sud e in senso contrario.

Sono diversi i cammini che conducono ad Assisi e quindi esistono differenti vie e segnali per raggiungere la stessa meta. Una volta scelta una via e il suo segnale, il consiglio è di seguire sempre quel tipo di segnaletica.
Questi sono i segnali da seguire per percorrere la Via di Francesco:

La segnaletica verticale è contraddistinta da un cartello metallico verticale, composto da una fascia di colore blu e giallo che è il segnale di riconoscimento della Via.
Viene riportato anche il Tau giallo, simbolo francescano per eccellenza.
Su ogni cartello è riportata la freccia con la direzione.

Sui sentieri di collina e di fondovalle, ma anche nei centri urbani, si trovano anche segnali di tipo orizzontale, cioè due piccole fasce di vernice gialla e blu e il tau giallo.
Questi segnali sono più fitti in presenza di bivi e deviazioni.
Si sta facendo tutto il meglio perché i pellegrini possano abbandonarsi al proprio cammino, ma poiché il cammino è vivo, nel senso che cambia e si evolve con le stagioni, a volte può succedere che una pianta o l’edera coprano alcuni segnali.
Basta ricercare il segnale successivo, posto di solito a circa 200 metri dal precedente, per fugare i dubbi.